La Biblioteca de la AECID se compone de 3 colecciones: la Biblioteca Hispánica, la Biblioteca Islámica y la Biblioteca de la Cooperación Española.

La Biblioteca Hispánica nace como colección bibliográfica del Consejo de la Hispanidad. La finalidad del citado Consejo consistía en conservar y fomentar la herencia hispánica en los países de América y Filipinas. El tema central de la primera colección histórica consiste en la literatura del descubrimiento, los Reyes Católicos y la evangelización de América.

En 1945 se crea el Instituto de Cultura Hispánica con carácter de Organismo Asesor del Ministerio de Asuntos Exteriores. En 1947 se aprueba su reglamento orgánico y se crea formalmente su biblioteca, a la que se incorporan los 6000 libros del desaparecido Consejo de la Hispanidad.

El ICH comienza a publicar su revista Mundo Hispánico en 1947 y Cuadernos Hispanoamericanos, así como una importante serie de monografías, en 1948.La Biblioteca puede disponer de todo el catálogo editorial de su institución para establecer relaciones de intercambio con universidades, bibliotecas nacionales, organismos oficiales y otros centros de investigación con producción editorial.

Los programas de canje e intercambios, así como las donaciones de autores, científicos, y personal diplomático, suplen a las adquisiciones con materiales imposibles de encontrar fuera de las entidades editoras.

La Biblioteca Islámica ha vivido dos etapas significativas. La primera se inicia en 1954, año de la fundación del Instituto Hispano-Árabe de Cultura y de la creación en su seno de una biblioteca que sirviera de apoyo documental y bibliográfico a los investigadores españoles y extranjeros del campo araboislámico. Los primeros años se dedican al inicio de la creación del fondo bibliográfico. Al crecimiento de la Biblioteca Islámica contribuyeron muchos centros culturales españoles establecidos en países árabes que enviaban cuantos libros pudieran encontrar de interés para el incremento de la colección bibliográfica de la biblioteca.

La segunda etapa comienza en 1974, año en que el Instituto Hispano-Árabe de Cultura se convierte en organismo autónomo al Ministerio de Asuntos Exteriores. Se establece el intercambio de publicaciones, con el que se adquieren libros y revistas editados por universidades y centros de investigación de países árabes.

El Instituto de Cooperación con el Mundo Árabe reemplaza, a finales de 1988, al Instituto Hispano-Árabe de Cultura.

Al crearse la Agencia Española de Cooperación Internacional en 1989, se integran en su estructura todos los organismos e instituciones del Ministerio de Asuntos Exteriores que estaban dedicados a la Cooperación Internacional. De este modo el Instituto de Cooperación Iberoamericana y el Instituto de Cooperación con el Mundo Árabe, pasan a formar parte de la AECI. Los dos Institutos traen consigo dos bibliotecas especializadas: la Biblioteca Hispánica y la Biblioteca Islámica.

La Biblioteca de la Cooperación Española representa la funcionalidad bibliográfica para la institución, además de su utilidad para la investigación, como biblioteca especializada en cooperación. La biblioteca de la AECID comenzó en los años 80 una colección bibliográfica sobre la temática de la cooperación al desarrollo siguiendo las funciones y objetivos de la organización a la que pertenece. Desde 1978 el ICI llevaba el término de "cooperación" en la denominación del organismo y por esa razón la biblioteca adquirió la consideración de "biblioteca depositaria" por parte de la OCDE, CEPAL, BID y otras organizaciones relacionadas con el desarrollo económico y la cooperación.

Con la creación de la AECI en 1989, la biblioteca incrementa su colección de libros y revistas centrados en temas de cooperación internacional con monografías, anuarios, informes coyunturales, memorias de actividades, y un considerable volumen de títulos sobre la eficacia e impacto de la ayuda internacional al desarrollo, la acción de los organismos internacionales y de las organizaciones no gubernamentales cuyas actividades se centran en la cooperación internacional para el desarrollo, la ayuda humanitaria y la ayuda de emergencia.